À Rome, l'École est implantée sur deux sites :

• depuis 1875 le Palais Farnèse est le siège de l'EFR. Au deuxième étage se trouvent la direction et la bibliothèque, au troisième les directions des études :
  
  École française de Rome
  67, place Farnèse
  I - 00 186 Rome
  T. +39 06 68 60 11 (standard)
  T. +39 06 68 60 13 30 (accueil bibliothèque)

• l'immeuble place Navone abrite, depuis 1975, l'agence comptable, les services administratif et informatique, des salles pour séminaires et débats, des logements pour boursiers et hôtes scientifiques et le service des publications, et depuis 2018, le service communication :
  
  École française de Rome
  62, place Navone
  I - 00 186 Rome
  T. +39 06 68 429 001
  
  Le laboratoire d'archéologie a également regagné l'immeuble de place Navone.

A noter, la bibliothèque ainsi que tous les sites de l'École française de Rome sont fermés les jours fériés suivants : 1^er janvier (Jour de l'An), 6 janvier (Épiphanie), lundi de Pâques, 25 avril (Fête de la Libération), 1^er mai (Fête du Travail), lundi de Pentecôte, 2 juin (Fête de la République), 14 juillet (Fête nationale française), 29 juin (Fête des saints Pierre et Paul), 15 août (Assomption), 1^er novembre (Toussaint), 11 novembre (Armistice 1918), 8 décembre (Immaculée conception), 25 décembre (Noël), 26 décembre (Saint Étienne).

Deux fermetures annuelles ont également lieu en été (en août) et en hiver (fin décembre).