À Rome, l'École est implantée sur trois sites :

• depuis 1875 le Palais Farnèse est le siège de l'EFR. Au deuxième étage se trouvent la direction et la bibliothèque, au troisième les directions des études :
  
  École française de Rome
  67, place Farnèse
  I - 00 186 Rome
  T. +39 06 68 60 11 (standard)
  T. +39 06 68 60 13 30 (accueil bibliothèque)

• l'immeuble place Navone abrite, depuis 1975, l'agence comptable, les services administratif et informatique, des salles pour séminaires et débats, des logements pour boursiers et hôtes scientifiques et le service des publications :
  
  École française de Rome
  62, place Navone
  I - 00 186 Rome
  T. +39 06 68 429 001
  
  
• le site de la Crypta Balbi héberge le laboratoire d'archéologie :
  
  Crypta Balbi
  via dei Delfini 14
  I - 00 186 Rome