Con più di 220 000 volumi, la biblioteca dell'EFR è la più grande biblioteca di ricerca francese all'estero.

La bibliioteca occupa tre piani del Palazzo Farnese: il 2° piano, il "mezzanino" e il 3° piano.

Offre 220 posti di lettura, 180 000 volumi in libero accesso, circa 2 200 titoli di periodici.
30 000 volumi, conservati in un magazzino nel sottosuolo del palazzo, sono distribuiti su richiesta.

La crescita delle collezioni ha accompagnato quello dell'École dal 1873.
I principali campi di specializzazione sono:

• Archeologia del Mediterraneo centrale,
• Storia della civiltà romana,
• Storia dell'Italia,
• Storia della Chiesa.

La politica delle acquisizioni si iscrive nel quadro delle missioni dell'École :

L’École française de Rome développe à Rome et en Italie, au Maghreb et dans les pays du Sud-Est européen proches de la mer Adriatique des recherches dans le domaine de l’archéologie, de l’histoire et des autres sciences humaines et sociales, de la Préhistoire à nos jours.

(Article 3, II -Décret n° 2011-164 du 10 février 2011 relatif aux Écoles françaises à l’étranger (NOR: ESRS1014943D), version consolidée au 14 octobre 2014)

Una carta documentaria, votata dal Consiglio scientifico dell'École française de Rome, stabilisce le grandi linee dello sviluppo delle collezioni della biblioteca.

Il "label" di qualità CollEx ("Collections d'excellence") è stato attribuito per cinque anni (2018-2022) alle collezioni di Antichità romana e di Storia d'Italia.

Dal 1989 (data di apertura al pubblico), la biblioteca ha considerevolmente accresciuto le sue collezioni nell'ambito del diritto grazie al deposito della biblioteca di Edoardo Volterra, ricca di 10000 opere (tra cui un fondo antico di 1615 volumi) e di 16000 ristampe.