I paesi del Sud-Est europeo vicini al mar Adriatico rappresentano, da molto tempo, un campo di ricerca attivo dell’École française de Rome in archeologia e storia. Molti prossimi eventi testimoniano la vivacità dei legami scientifici che l’École intrattiene, in particolare, con la Croazia e l’Albania. In effetti, i prossimi 4 e 3 Marzo si terrà il secondo colloquio internazionale di archeologia, nell’ambito del mese della francofonia a Tirana, organizzato dall’Ambasciata di Francia in Albania e l’École pratique des hautes études – PSL, Illyries, identités croisées. L’École française de Rome sarà ivi rappresentato dalle missioni di Apollonia e di Komani. Inoltre, una mostra al museo archeologico di Zagabria mostrerà i cantieri delle équipe franco-croate (villa di Santa Marina in Istria, isola di Brač, arcipelago del Quarnero) a partire dalla fine del mese di Aprile 2020. Ancora, a proposito del sito di Komani, si terrà, dal 18 al 21 Maggio 2020, l’Atelier internazionale  "Costruire insieme il futuro dei siti patrimoniali nei Balcani" che si chiuderà a Tirana nell’ambito della settimana dell’Europa. Infine, dal 6 al 10 Luglio 2020, l’EFR sarà associata all’organizzazione dell’Atelier dottorale Upper Adriatic borderlands transitions, identities and urban spaces in the port cities of Trieste and Fiume/Rijeka (XIXth-XXth centuries), in collaborazione con le Università di Rijeka e Trieste, nell’ambito di Rijeka capitale europea della cultura 2020. A Ottobre-Novembre 2019, l’École française de Rome aveva già accolto la mostra "Un secolo di ricerche archeologiche a Rijeka (Fiume)".

Soprattutto nel campo della collaborazione archeologica, l’EFR ha stretto dei legami forti con queste regioni: Croazia, Serbia e Albania. Dagli anni ’70, tre siti hanno dato vita a collaborazioni e pubblicazioni, con delle serie create nella Collection de l’École française de Rome: Sirmium (Sremska Mitrovica), con il Museo del Louvre e l'Istituto Archeologico di Belgrado; Salone ha beneficiato di un accordo con il Museo Archeologico di Spalato nel 1983; Caričin Grad, con l'Istituto Archeologico di Belgrado e l'Istituto dei Monumenti Storici di Niš. Nel corso degli anni ’90 e 2000, queste collaborazioni sono continuate e si sono sviluppate in Istria, a Loron. Attualmente, le attività, supportate da molteplici collaborazioni con delle istituzioni nazionali croate, si concentrano ancora in Istria (Santa Marina), così come nel Quarnero, in Dalmazia, grazie ad un programma sui monasteri e sui siti ecclesiastici insulari della tarda antichità e dell'Alto Medioevo, che è stato contraddistinto dalla scoperta nell'aprile 2017 del pettine di Mirine. La monografia. In Albania, la missione di Apollonia è oggetto dal 2004 di una collaborazione con l’École française d'Athènes e l’Istituto archeologico di Tirana; sono stati recentemente ripresi nuovi scavi. Il programma "Peuplement et territoires dans l’Occident balkanique (IVe-XVe siècle) : les sites médiévaux de Komani, Sarda et Lezha" si basa su una collaborazione dell’EFR con il CNRS, l’Istituto di archeologia di Tirana e l’Università di Ginevra. Agli scavi attuali, effettuati sul sito di Komani, si aggiunge una componente patrimoniale, con la fondazione del Parco natuale municipale della Valle del Drin. La monografia L’autorité pontificale en Dalmatie di Stéphane Gioanni è attualmente in corso di stampa, presso la Bibliothèque des Écoles françaises d'Athènes et de Rome (BEFAR)

D’altra parte, il posto dei Balcani nella storia moderna e contemporanea è aumentato negli ultimi anni, grazie al reclutamento e all'accoglienza di ricercatori, oltre che attraverso i programmi. Delle operazioni pluriennali di ricerca si focalizzano in effetti sull’Oriente europeo o mediterraneo, in particolare sulla lunga durata dei contatti religiosi tra Oriente e Occidente. Il volume colletaneo Autocéphalies. L’exercice de l’indépendance dans les églises slaves orientales, codiretto da L. Tatarenko (membro dell’EFR dal 2013 al 2016) è prevista nella Collection de l’École française de Rome nel 2020. Fabrice Jesné, direttore degli studi, pubblica nella BEFAR la monografia mancante fino ad oggi sulla politica balcanica dell’Italia liberale, meno conosciuta di quella dell’Italia fascista : La face cachée de l'empire (in stampa). Borsisti e ricercatori residenti approfittano del loro soggiorno per sfruttare le risorse pontificie e italiane relative ai Balcani e all’Europa dell’Est in generale, in particolare quelle che sono conservate nell’Archivio storico-diplomatico del Ministero degli Affari Esteri. Questo posto crescente dei Balcani nella politica scientifica dell’École si traduce nella sua politica documentaria, con un recente ampliamento nel catalogo alla collocazione HO, considerato il ruolo della biblioteca nell’accompagnare i ricercatori attraverso le sue acquisizioni.